يعد برنامج الإرشاد النفسي والاجتماعي المحور الثاني لعمل جمعية مدرسة الأمهات ويتقاطع عمل البرنامج مع باقي برامج الجمعية حيث يهدف الى نشر الوعي بين صفوف الأمهات وربات البيوت على وجه الخصوص، لكونهن الشريحة الاوسع والأكثر تهميشاً في المجتمع الفلسطيني، من أجل زيادة معرفتهن بحقوقهن الاساسية واهمية مشاركة المرأة في الحياة العامة والسياسية وصنع القرار والمساواة في الحقوق داخل الاسرة وتفعيل دورها الايجابي في المجتمع.

الارشاد النفسي والاجتماعي: 

يهدف إلى تقديم الدعم النفسي والاجتماعي للنساء من خلال لقاءات توعوية وأنشطة، ويتضمن ما يلي:
لقاءات الارشاد الجمعي حيث تقوم الاخصائية النفسية والاجتماعية بإجراء تقييم للمجموعة من خلال استخدام أدوات قياس موثوقة لتحديد الاحتياجات وإجراء تقييم قبلي وبعدي، ومن خلال التقييم تقوم الاخصائية بالاتفاق مع النساء حول المواضيع التي سيتم طرحها في لقاءات الارشاد، ومن ضمن المواضيع التي يتم طرحها: آليات التعامل مع الأطفال في فترة المراهقة، تنظيم الوقت، اتصال وتواصل، الضغط النفسي وكيفية التخفيف منه، تفريغ نفسي للمجموعات النسائية، كيفية التخفيف من التفكير الزائد، النسيان وأسبابه، الخوف عند الأطفال كالخوف والتوتر من الامتحانات، إدارة الوقت، أهمية التعليم، نظرة المجتمع للمرأة المطلقة، التربية الجنسية، الابتزاز الالكتروني، مشكلات كبار السن، مشاكل التواصل الاجتماعي، النسيان واسبابه وطرق التخلص منه، الرعاية الذاتية، وغيرها من المواضيع.
كما يهدف برنامج الارشاد النفسي والاجتماعي الى تقديم الاستشارات الفردية من قبل الاخصائية النفسية والاجتماعية للنساء بهدف تقديم الدعم من خلال توفير مساحة آمنة للتعبير عن المشاعر بدون حكم، وتحديد المشكلة وتوجيه النساء نحو الموارد وأحياناً يتم تحويل الحالة إلى مؤسسات مختصة في تقديم العلاج النفسي ويتم المتابعة معهن من قبل الاخصائية في الجمعية.
ويتضمن برنامج الارشاد النفسي والاجتماعي أيام مفتوحة ولقاءات ترفيهية تفريغية في الهواء الطلق للنساء والاطفال بهدف التخفيف من الضغوط النفسية والتوترات وتحسين الصحة النفسية لهم. كما يتم في كل عام في اليوم العالمي للصحة النفسية بعمل أنشطة توعوية لتعزيز الصحة النفسية للجميع.
وأيضاً يتم العمل مع فئة الشباب/ات من خلال لقاءات تتضمن مواضيع حول المهارات الحياتية، مهارات الاتصال والتواصل، الاسعاف النفسي الاولي، الجرائم الالكترونية، وغيرها من المواضيع. ويتم تنفيذ مبادرات مجتمعية شبابية تتميز بكونها فرصة للشباب لصقل شخصياتهم وتطوير مهاراتهم والمساهمة في نماء المجتمع.
كما أنه يتم التنسيق والتشبيك مع المؤسسات المختلفة لتقديم ورش عمل وتدريبات حول الصحة النفسية.
كما يتضمن البرنامج الاشراف على طلاب/ات التدريب الميداني من جامعة النجاح الوطنية وجامعة القدس المفتوحة وغيرها من الجامعات في تخصصات علم النفس والخدمة الاجتماعية حيث تعمل الاخصائية على ضمان التطوير المهني للطلاب من خلا ماتابعة خطة التدريب وإشراكهم في اللقاءات والأنشطة التي يتم تنفيذها وعمل تقييم في نهاية التدريب الميداني.

الإرشاد الصحي: 

يهدف الارشاد الصحي الى الحفاظ على توازن الصحة الجسدية والتي بدورها تنعكس على الصحة النفسية ويعد ضرورياً لتحسين جودة الحياة لتحقيق صحة شاملة بكلا الجانبين، ويتم تنفيذ الإرشاد الصحي من خلال التنسيق والتشبيك مع المؤسسات التي تعمل في المجال الصحي ويتم طرح مواضيع توعوية حول الصحة منها: سن الأمان، الصحة الإنجابية، الوقاية من الأمراض، كيفية التعامل مع الأمراض المزمنة، الإسعاف الأولي، التغذية السليمة. ويتم تنفيذ أيام طبية للنساء تشمل توعية وعمل فحوصات مجانية وأيضاً يتم في كل عام حملة توعية حول مرض سرطان الثدي في شهر أكتوبر وعمل فحوصات طبية بالتعاون مع المؤسسات.

الإرشاد القانوني: 

يهدف إلى زيادة الوعي القانوني للنساء ويساعد على فهم حقوقهن القانونية وكيفية حمايتها وتجنب المشاكل القانونية التي من الممكن أن يتعرضن لها، ويتم ذلك من خلال التنسيق مع مؤسسات تعنى بتقديم خدمة الإرشاد القانوني من خلال لقاءات توعوية تشمل مواضيع مختلفة منها: حقوق النساء في قانون العمل الفلسطيني، قانون الأسرة المتعلق بقضايا النفقة والميراث والحضانة والمشاهدة، والاحوال الشخصية وغيرها من المواضيع.